La théorie endosymbiotique de l’évolution propose que les organites tels que les chloroplastes et les mitochondries, délimités par deux membranes accolées, proviennent d’endocytose de procaryotes par des eucaryotes suite à des relations symbiotiques. En effet, les mitochondries et les chloroplastes sont des organites semi-autonomes, possédant leur propre ADN et capables de synthèse protéique. Cette théorie suppose donc que les eucaryotes auraient par endocytose intégré dans leur cytoplasme des procaryotes au métabolisme particulier (respiration oxygénique pour les mitochondries - photosynthèse pour les chloroplastes).

La dérive génétique résulte d’un tri au hasard des allèles lors de la reproduction.
90% des loci enzymatiques sont polymorphes aussi bien chez l’Homme que chez la drosophile. Comment expliquer ce polymorphisme ? Les partisans de la sélection naturelle soutiennent que pour qu’un allèle se propage dans une population, celui-ci doit apporter un avantage adaptatif au regard de l’environnement. Au cours des générations successives, l’allèle avantageux voit sa fréquence augmenter au dépend de la version défavorable. Cette hypothèse n’explique pas le polymorphisme, car au bout d’un certain temps, l’allèle avantageux devrait avoir remplacé l’allèle défavorable.
Dans les années 1970, Motoo Kimura (hors programme) propose l’hypothèse que la majorité des allèles sont neutres au regard de la sélection naturelle, leur fréquence varie donc au cours du temps de manière aléatoire. Le sort d’un allèle est donc uniquement dû au hasard. Cette hypothèse est connue sous le nom de « théorie neutraliste de l’évolution moléculaire ».

C’est ce qu’on appelle l’effet de fondation (notion hors programme !), plus l’effectif d’une population est réduit, plus la vitesse de fixation d’un des deux allèles étudiés est rapide.