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Fiche de cours
Raisonnement à adopter pour justifier un arbre phylogénétique
Matrice taxons (ou espèces)/caractères
Les espèces sont volontairement appelées A, B, C, D, E, et F afin de simplifier le raisonnement. De même, les caractères sont appelés α, β, γ, δ et Ψ. Dans cette matrice :
1 signifie que le caractère est présent à l’état dérivé.
0 signifie que le caractère est présent à l’état ancestral.
Sur le logiciel Phylogène, on polarise un arbre en prenant une espèce dite extragroupe, c’est-à-dire qui ne partage aucun caractère avec les autres espèces de la matrice. Dans cette matrice, l’espèce extragroupe est l‘esp&e
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