Une espèce désigne un groupe d'individus qui se ressemblent : ils partagent un même ensemble de gènes. Certaines espèces sont génétiquement proches et se ressemblent (les corbeaux et les corneilles par exemple). 

Ces individus peuvent se reproduire. Des individus d'espèces différentes peuvent parfois se reproduire si ces espèces sont génétiquement proches (par exemple le cheval et l'âne, ou encore le tigre et le lion) mais dans ce cas leur descendance n'est pas fertile. Il est donc important de préciser que la descendance d'individus de la même espèce est fertile. 

Classer le vivant permet d'y mettre de l'ordre et facilite ainsi l'identification de nouvelles espèces. Cela permet également de mieux répertorier la biodiversité dont nous faisons partie, car cela nous oblige à l'observer et constater que tous les insectes ne se ressemblent pas, qu'il existe différentes espèces de mousses et de cloportes par exemple. Classer le vivant implique également de regrouper ensemble des individus qui se ressemblent et qui sont donc dans la majorité des cas, plus étroitement apparentés entre eux qu'avec le reste du vivant.

Classer ensemble des individus uniquement selon des traits qu'ils partagent ne permet pas de retracer cette histoire évolutive : par exemple les oiseaux et les chauve-souris partagent le fait d'avoir des ailes mais les oiseaux sont plus proches des crocodiles que des chauve-souris et les chauve-souris sont plus proches des humains que des oiseaux ! Il est important de faire appel à la génétique pour clarifier ces liens. Les classifications basées sur l'évolution sont souvent remises à jour au fur et à mesure que les techniques d'analyse évoluent. 

On peut regrouper ensemble le crocodile du Nil, le pigeon biset, la mésange bleue, le lézard des murailles, le lièvre et le chat ; contrairement à la mante religieuse, ils possèdent tous un squelette interne composé d'os, et ce critère permet de les regrouper. 

Le lièvre, la mésange bleue et le chat ne peuvent pas être regroupés sur un critère qui n'inclurait pas les autres espèces de la liste.

On peut également regrouper le pigeon biset et la mésange bleue. Contrairement à la mante religieuse, au crocodile du Nil, au lézard des murailles, au lièvre et au chat, ils possèdent des plumes, des ailes, un bec : l'un de ces trois critères permet de les regrouper ensemble. 

On peut enfin regrouper ensemble le crocodile du Nil, le lézard des murailles, le lièvre, le chat : ils possèdent contrairement à la mésange bleue et au pigeon biset une mâchoire dentée. Ce critère permet de les rassembler. 

Si l'on effectue d'abord une liste d'attributs sans regarder la liste d'espèces, on se retrouve in fine avec des boîtes qui ne sont pas rangées les unes dans les autres, et avec des espèces qui sont dans plusieurs boîtes en même temps. On risque aussi de se retrouver avec des espèces qu'on ne peut ranger nulle part si elles ne possèdent aucun des attributs auxquels on a pensé. 

Pour réaliser une classification emboîtée d'une liste d'espèces, on regarde d'abord les attributs que possèdent ces espèces. Chaque attribut correspond à une boîte. On essaye toujours de regrouper un maximum d'individu dans une boîte. En appliquant cette méthodologie à chaque niveau, on se retrouve in fine avec de grandes boîtes rangées les unes dans les autres et la lecture de cette classification permet, pour une espèce donnée, d'en connaître tous les attributs d'un coup d'oeil. 

Dans une classification emboîtée, des espèces qui se trouvent dans une même boîte partagent les attributs de la boîte en question et de tous les autres caractérisant les boîtes dans laquelle cette boîte est rangée, et sont généralement plus apparentées entre elles qu'avec les espèces rangées dans les autres boîtes.